Il MAFF, sotto direzione scientifica del Prof. Gert-Jan Burgers (docente di archeologia mediterranea presso la Libera Università di Amsterdam) nasce per esporre la storia di Francavilla Fontana e della Piana brindisina. Attraverso i reperti archeologici provenienti da Francavilla Fontana, Ceglie Messapica, Mesagne e Brindisi, e grazie ad una serie di illustrazioni e ricostruzioni tridimensionali appositamente realizzate, il MAFF interpreta e racconta alcuni dei momenti fondamentali della storia di questo territorio, dal Paleolitico all’età moderna. Le sale espositive, allestite al piano nobile del Castello Imperiali, sono organizzate in ordine cronologico: il percorso inizia con le fasi più antiche della storia dell’uomo in Puglia, prosegue con l’età ellenistica e romana e si conclude con il racconto della nascita del borgo di Francavilla in età medievale e dei successivi sviluppi in età moderna, quando il destino della città si incrocia con quello di un’importante famiglia genovese: gli Imperiali.